La xarxa fluvial de l’Alta Garrotxa comprèn la capçalera de la Muga i els afluents del marge esquerra del curs mig del Fluvià (conques del Llierca i del Borró).
Aquests cursos fluvials es caracteritzen per la irregularitat del seu cabal. Bona part dels torrents i rieres, com la del Borró i del Llierca, tenen un règim torrencial, amb el llit sec bona part de l’any i avingudes violentes en cas de fortes pluges. D’altres tenen un curs permanent, com la riera de la Vall del Bac, el riu La Muga i alguns trams de la riera d’Hortmoier i de Sant Aniol.
Sovint, l’aigua de pluja i la que circula per la llera, acaba infiltrant-se cap a dins, per les esquerdes i els contactes entre estrats, recarregant els aqüífers subterranis. De la mateixa manera, l’aigua subterrània pot tornar a sorgir des del mateix llit de la riera o en forma de fonts.
L’aigua d’algunes d’aquestes rieres, com la del Borró i del Llierca, és la que, per un sistema d’aqüífers alimenta les surgències que originen el llac de Banyoles.